La colección del Museo data de los años treinta del siglo XIX, es entonces cuando comienza la adquisición de fondos, recepción de donaciones, etc. Custodia minerales, fósiles y una colección específica de restos de osos cavernarios; también una colección de lámparas mineras.
Cuenta con reproducciones a escala natural de una galería de una mina y maquinaria, también dispone de una rica biblioteca histórica.
La Escuela Superior de Ingenieros de Minas tiene un Museo en el que se conserva una fuerte colección de minerales y de fósiles procedentes tanto de España y Portugal como fuera de las fronteras peninsulares, acompañadas de piezas de interés arqueológico, encontradas y extraídas de yacimientos mineros. Estas colecciones se exhiben en un espacio propio y se complementan con otras colecciones de instrumental científico-tecnológico y de piezas de utilidad docente con gran valor histórico.